El conjunto de estructuras relacionadas con el culto cristiano de Baños de la Reina lo configuran, hasta el momento, un total de 23 inhumaciones.
Las tumbas se excavaron tanto dentro de los muros de la iglesia como en otras habitaciones adjuntas, rompiendo en ocasiones los suelos de mosaico y de mármol de la vivienda 1.
Se tratan, en su mayoría, de enterramientos en cista con cubierta de lajas de piedra.
También encontramos tumbas denominadas “cupa”, de tradición norteafricana, las cuales se caracterizan por estar cubiertas por una gruesa capa de mortero hidráulico o signinum, cuya masa está hecha con pequeños fragmentos cerámicos con cronología de los siglos VI y VII d.C.
Aunque escasos, los ajuares funerarios confirman esta cronología.