Différentes cultures se sont installées sur le Peñón au fil des siècles. Sur la face occidentale il y a des traces d’un village ibère, qui fut abandonné puis déplacé vers la partie la plus basse de l’isthme pendant l’époque romaine. Pendant le Moyen Âge nous retrouvons des indices d’occupation des versants qui montrent que, après de nombreuses attaques depuis la mer, ses habitants ont décidé de redescendre au village et de créer des murailles de défense. Le Peñón a été la propriété de nombreuses personnes jusqu’à 1987 où il est finalement devenu propriété de la Generalitat Valenciana qui l’a déclaré Parc Naturel.