Am Peñón haben sich seit jeher verschiedene Kulturen niedergelassen. Am westlichen Abhang gibt es Spuren einer iberischen Siedlung welche in der romanische Zeit verlassen und auf die tiefergelegende Stelle der Landenge verlegt wurde. Es finden sich Spuren, die darauf hinweisen, dass während des Mittelalters die Berglehnen neu besiedelt wurden. Aus Furcht vor Angriffen vom Meer zogen jedoch die Bewohner in sichere Städte mit Stadtauern. Der Fels was Eigentum verschiedener Privatpersonen bis schließlich 1987 die Generalidad Valenciana Eigentümer wurde und das Gebiet zum Naturschutzpark erklärte.